Дмитрий, Вам незачем оформлять опекунство над детьми, поскольку Вы и так являетесь их законным опекуном как отец. А лишить мать детей родительских прав можно только в исключительных случаях, строго установленных законом (жестокое обращение с детьми, эксплуатация детей, непроявления внимания к детям более 6 месяцев и т.д.).

Все, что Вы можете сделать - это определить в судебном порядке место проживания детей с Вами. Но это возможно в том случае, если мать детей будет проживать отдельно от Вас, что может быть осуществлено путем выселения жены из квартиры после развода (поскольку квартира принадлежит Вашей матери и Ваша бывшая жена больше не будет являться членом ее семьи).