Любое решение гос.органа Германии - это административный акт, обжалование которого вполне возможно и является рутиной адвоката административного права в Германии. Из Вашего вопроса видно, что этот адм. акт основан на событиях многолетней давности, последствия которых (внутренние действия служб) стали известны только сегодня и имеют для Вас ущемляющее /негативное действие. Для дальнейших определений шансев на успех административного дела против ответственного за этот акт органа (консульский отдел), дачи практических рекомендаций или просто для улаживания всего дела одним телефонным разговором с руководством представительства Германии в России - нужно как письменное обоснование отказа (что может затребовать немецкий адвокат, представляющий Ваши интересы в Германии), так и его легитимация (=дача ему доверенности) на основе чего вообще возможно требование официального объяснения и обоснования административных действий от любого немецкого гос. органа.