Для ответа на Ваш вопрос нужно смотреть решение суда об усыновлении. Обычно вопрос изменения фамилии решается одновременно с вопросом об усыновлении. Если это так, то в решении суда уже указано, что ребенок приобрел новую фамилию, и с этим решением суда нужно обратиться в ЗАГС и получить новые документы. В противном случае, изменить фамилию ребенку можно в России, обратившись в ЗАГС с согласия органа опеки и попечительства. Ситуация решаемая, но осложняется Вашим физическим отсутствием в России – фамилия меняется только при личном обращении, и никак иначе.